Ao contrário dos pedágios com cancelas, o free flow não exige a parada dos veículos para pagamento. Câmeras e sensores instalados nos pórticos registram a passagem identificando a largura, altura, comprimento quantidade de eixos e placa de qualquer veículo. O sistema também faz a leitura de tags automáticas, considerada uma das maneiras mais fáceis de realizar o pagamento. Esses tags (selo colocado no carro) pode ser adquirido com as agências bancárias que o motorista tem conta. Quem opta pelas tags paga a tarifa do free flow na fatura do serviço, junto com as cobranças de outros pedágios ou estacionamentos, por exemplo. A depender do plano, contudo, pode haver mensalidade ou cobrança de taxas pelas empresas que oferecem os adesivos. 

Outra opção para pagamento digital é o aplicativo CSG Free Flow ou o site da concessionária. Nesse caso é possível carregar créditos antecipadamente, com o valor descontando de forma automática na passagem, ou pagar manualmente em até 15 dias nos mesmos canais ou nos totens das bases de serviço operacional. Quem coloca créditos antecipadamente ou opta pelas tags tem ainda descontos que variam de 5% a 20%. 

Em caso de pagamento manual, a quitação deve ocorrer em até 15 dias. Após esse prazo, o motorista é multado em R$ 195, conforme o Código de Trânsito Brasileiro (CTB), e passa a ter cinco pontos na Carteira Nacional de Habilitação (CNH). O valor do pedágio continua devido e também pode ter acréscimo. Ricardo Perez, diretor da CSG, dá mais detalhes sobre as formas de pagamento (entrevista em ouça a notícia).