Os pacientes que buscam transporte intermunicipal custeado pela Prefeitura de Capão Bonito do Sul devem se dirigir até a Secretaria Municipal de Saúde ou Posto de Saúde do Distrito de Barretos para efetuar a sua reserva.

A mudança tem como meta centralizar e agilizar as viagens conseguindo atender um maior número de pacientes que realizam consultas, exames ou cirurgias em outros municípios, em busca de centros de referência de especialidades. Nos primeiros oito meses de 2015, mais de 900 pessoas utilizaram o transporte fornecido pela secretaria.  Os pacientes são encaminhados para 10 municípios, entre eles Passo Fundo, Porto Alegre, Sananduva, Tapejara e Lajeado.

A frota para transportes desses pacientes conta com cinco veículos, uma ambulância, uma van e três carros. A frota ainda gere o sistema de veículos da Vigilância Sanitária, Vigilância Epidemiológica, Programa de Atendimento Domiciliar, Assistência Farmacêutica e Estratégia Saúde da Família.

O horário de agendamento para o transporte de pacientes é de segunda à sexta das 8h às 16h.